Fakulta biomedicínského inženýrství (FBMI) je druhou nejmladší fakultou Českého vysokého učení technického v Praze. Vznikla v roce 2005 a to transformací Ústavu biomedicínského inženýrství. Její historie se píše od roku 1996, kdy bylo na ČVUT v Praze založeno Centrum biomedicínského inženýrství (CBMI) s cílem vytvořit na ČVUT ústřední koordinační pracoviště výzkumných i výukových aktivit v oboru biomedicínského inženýrství. Úkoly CBMI ČVUT byly orientovány především na výzkumnou oblast a díky vhodné struktuře profesionálního zaměření jeho pracovníků, kteří svými odbornostmi obsáhli velkou část biomedicínského inženýrství, bylo možné řešit široce zaměřené vědecko-výzkumné projekty. V roce 2002 byly CBMI připraveny podklady pro zavedení 3letého bakalářského studijního programu „Biomedicínská a klinická technika“ a CBMI bylo transformováno na vysokoškolský ústav – Ústav biomedicínského inženýrství (ÚBMI) ČVUT.